Po wkroczeniu Armii Sowieckiej na ziemie polskie harcerze podjęli walkę z nowym okupantem. Były to oddziały harcerskie Szarych Szeregów i Hufców Polskich oraz poszczególni harcerze lub grupy harcerzy wchodzące w skład zbrojnych oddziałów wojskowych różnych organizacji. W ten sposób rozpoczęła się druga konspiracja harcerska na terenach wschodnich, następnie stopniowo rozszerzając się na teren całego kraju.

W grudniu 1944 roku PKWN w Lublinie powołał do życia Związek Harcerstwa Polskiego. Wielu instruktorów przedwojennych i członków Szarych Szeregów włączyło się do oficjalnej organizacji ZHP z nadzieją służby według dawnych zasad.
Hufce Polskie (HP) od połowy 1945 roku wprowadziły kilka drużyn harcerek w struktury PCK, a inne drużyny, głównie męskie, weszły w skład ZHP prowadząc w ramach tych organizacji działalność konspiracyjną i traktując ZSRR jako drugiego okupanta.

Szare Szeregi zostały formalnie rozwiązane w styczniu 1945 roku. Rozpoczęte w grudniu 1945 roku masowe aresztowania rozbiły ogólnopolską strukturę Hufców Polskich. Od 1947 roku działalność HP praktycznie ustała. Jednak w odpowiedzi na represje NKWD i UB niektóre jednostki organizacyjne przeszły do konspiracji zbrojnej, a poszczególni harcerze wchodzili indywidualnie do wojskowych organizacji niepodległościowych. W przekroju historii Polskiego Harcerstwa walka o niepodległość była tym, co wyróżniało nas od organizacji skautowskich w innych krajach. Hasło „skauting + niepodległość = harcerstwo” było zawsze aktualne.

W kolejnych latach zaczęły spontanicznie powstawać harcerskie organizacje niepodległościowe w ramach oficjalnego ZHP i poza tą organizacją. Organizacje te stawiały opór komunizowaniu kraju i dążyły do prawdziwego harcerstwa opartego o etykę chrześcijańską i zasady skautingu. Harcerska konspiracja antysowiecka, umownie zwana drugą konspiracją harcerską, trwała od 1944 do 1956 roku.
Na podstawie akt sądowych, nielicznych akt operacyjnych, relacji uczestników, opracowania ankietowego „Jaworzniaków” (240 ankiet), 170 wniosków na Krzyż Niezłomnych, przekazów ustnych i literatury udało się ustalić 142 harcerskie organizacje niepodległościowe działające w latach 1944 – 1956 zrzeszające 2997 członków. Wszystkie te organizacje zostały stosunkowo dość szybko rozpracowane i rozbite przez NKWD i UB. Nie wszyscy członkowie tych organizacji byli aresztowani, gdyż, z uwagi na struktury organizacyjne, aparatowi bezpieczeństwa nie udało się dotrzeć do wszystkich. W związku z tym liczba 2997 jest poważnie zaniżona. Szacuje się, że jest to zaledwie 1/3 członków harcerskich organizacji niepodległościowych. Nie ma też żadnych danych o harcerskich organizacjach niepodległościowych, które nie zostały rozpracowane przez aparat bezpieczeństwa. Powodem tego jest brak dokumentów najbardziej wiarygodnych, jakimi są akta sądowe i relacje uczestników z tamtego okresu. Poważne relacje od represjonowanych zaczęto zbierać dopiero po 50 latach i to z dużymi trudnościami. Wielu represjonowanych harcerzy zmarło, a od jeszcze żyjących i schorowanych, rozrzuconych po całym kraju i daleko za granicą trudno było uzyskać istotne informacje. Wiemy jednak z przekazów ustnych, przeprowadzonych akcji, czy zapamiętanych napisów i ulotek opozycyjnych w stosunku do ustroju komunistycznego, a nawet nielegalnych gazetek kolportowanych w ramach jeszcze oficjalnego ZHP, że takie nie wykryte organizacje istniały.
Relacje pochodzą przede wszystkim od członków Związku Młodocianych Więźniów Politycznych lat 1944-1956 „Jaworzniacy”, Stowarzyszenia Szarych Szeregów i Związku Więźniów Politycznych Okresu Stalinowskiego.

Działalność drugiej konspiracji harcerskiej do roku 1948 różni się od działalności w latach 1949-1956. W pierwszym okresie odnotowano zaledwie 37 harcerskich organizacji niepodległościowych i były to głównie organizacje zbrojne nastawione na walkę.
Od roku 1949 działało 105 organizacji, w większości bez broni lub z nieliczną bronią przechowywaną na wypadek wybuchu III wojny światowej, ewentualnie używaną w celach szkoleniowych. W większym stopniu pojawiały się cele wychowania patriotycznego, a nawet w wielu organizacjach oddziaływania na młodzież nie zrzeszoną i społeczeństwo. Nagminnie posługiwano się ulotką i napisami na murach. Eksplozja powstawania nowych organizacji łączyła się ze zlikwidowaniem Związku Harcerstwa Polskiego w 1949 roku. Małą liczbą organizacji w pierwszym okresie II konspiracji harcerskiej należy tłumaczyć tym, że bardzo wielu harcerzy i harcerek indywidualnie lub małymi grupami wstępowała do różnych organizacji niepodległościowych i walczących oddziałów zbrojnych. W 1947 roku była amnestia i powszechne ujawnianie się. Pozostały jeszcze oddziały zbrojne z których najdłużej działał WiN. W końcu i one zostały rozbite, a II harcerska konspiracja trwała do 1956 roku. W 1956 roku reaktywowano ZHP i przywrócono symbole, krzyż harcerski i lilijkę. Na apel hm. Aleksandra Kamińskiego do pracy w ZHP zgłosiło się wielu instruktorów z Szarych Szeregów i jeszcze więcej harcerek i harcerzy represjonowanych, którzy zdążyli wyjść z więzień, głównie po zastosowaniu amnestii. W związku z powyższym po 1956 roku nie działała już żadna harcerska organizacja niepodległościowa.
W późniejszym okresie po usunięciu hm. Aleksandra Kamińskiego PZPR opanowała kierownictwo ZHP. Następnie oddelegowano do ZHP tysiące towarzyszy partyjnych na funkcje kierownicze, przyznając im pośpiesznie stopnie instruktorskie. Rozpoczęto proces wychowania socjalistycznego w miłości do ZSRR. Sprowokowało to działalność opozycyjną, która doprowadziła do powstania organizacji alternatywnych. Ten okres opozycji w stosunku do ZHP prof. hm. Tomasz Strzembosz nazywa „konspiracją cywilną”, w odróżnieniu od II konspiracji harcerskiej, za którą to działalność wojskowe sądy PRL ferowały wyroki do kary śmierci włącznie. W więzieniach i przymusowej pracy w kopalniach węgla i kamieniołomach tracono zdrowie, czasami życie i oczywiście wszyscy stracili młodość. To była cena, jaką zapłacili harcerki i harcerze II harcerskiej konspiracji niepodległościowej.
Niektóre harcerskie organizacje niepodległościowe II konspiracji poza działalnością niepodległościową prowadziły również działalność harcerską. Przyjmowano harcerską strukturę organizacyjną z podziałem na zastępy, drużyny, hufce, a nawet sporadycznie do komendy chorągwi włącznie. Przeprowadzano terenowe biegi na stopnie harcerskie, wydawano rozkazy, mianowano funkcyjnych, przyznawano stopnie harcerskie. Szkolono harcerzy w łączności, terenoznawstwie, samarytance.
Zakłada się, że liczba 2997 harcerek i harcerzy uzyskana z akt sądowych i rejestrów skazanych to jedynie 1/3 członków wszystkich harcerskich organizacji niepodległościowych. Po przemnożeniu jej przez 3 otrzymujemy faktycznie przypuszczalną liczbę uczestników harcerskich organizacji niepodległościowych: 8991. Z badań ankietowych wynika, że 38% harcerzy aresztowano z powodu przynależności do nieharcerskich organizacji niepodległościowych (harcerki w organizacjach harcerskich stanowiły 14%, a w nieharcerskich 2%). Dlatego do wcześniejszego wyniku należy dodać 38%, czyli w przeliczeniu 3416 harcerek i harcerzy z nieharcerskich organizacji niepodległościowych, co z dużym prawdopodobieństwem daje razem 12407 harcerek i harcerzy w II konspiracji harcerskiej.

Członkowie II konspiracji harcerskiej byli ścigani przez potężny aparat bezpieki z polecenia mocodawców sowieckich z wyjątkową zaciekłością. Działalność konspiracyjna była zdecydowanie trudniejsza niż w czasie okupacji niemieckiej. Otumaniona i zastraszona znaczna część społeczeństwa opowiadała się za nową władzą i godziła się egzystować pod panowaniem sowieckim. Tajni agenci byli praktycznie wszędzie: na ulicy, wśród nauczycieli, uczniów, a nawet wśród księży. Dlatego tak szybko i na masową skalę rozbijano harcerskie organizacje. Aresztowanych traktowano bez taryfy ulgowej – tak, jak dorosłych. Po brutalnych bestialskich śledztwach, trwających w niektórych przypadkach nawet do roku, młodzież harcerska była skazywana przez Wojskowe Sądy na wieloletnie wyroki, do kary śmierci włącznie. Udało się ustalić 4 zamordowane harcerki i 58 harcerzy. Na kary powyżej 5 lat więzienia Wojskowe Sądy skazały aż 63% harcerzy. Po wyrokach zmuszono do niewolniczej pracy 76% skazanych.
W 53% przypadków proponowano współpracę z UB, niektórym kilkukrotnie, nawet już po wyjściu z więzienia. Większość skazanych (90%) była wzywana po odbyciu kary na ponowne przesłuchania, a 54% uczestników miało utrudnienia w kontynuacji nauki, nie mieli też dostępu na studia wyższe.

Represje dotyczyły również rodzin skazanych harcerzy. Znane są przypadki zwalniania z pracy rodziców, prześladowania rodzeństwa, eksmisji z atrakcyjnych mieszkań i zagarnięcia cennych przedmiotów podczas rewizji domowych. Nie wszyscy harcerze wychodzili z aresztów czy więzień po wyrokach. Były wypadki przetrzymywania w śledztwie nawet powyżej roku i zwolnienia bez skazania. Wszyscy jednak, bez względu na czas przebywania w aresztach czy zakładach karnych, wychodzili z większym lub mniejszym uszczerbkiem zdrowia. Niektórzy wkrótce po wyjściu na wolność umierali. Z badań ankietowych „Jaworzniaków” wynika, że 75% ankietowanych ma przyznane komisyjnie stałe renty inwalidy wojennego w związku z pobytem w więzieniu z przyczyn politycznych. U 85% ankietowanych stwierdzono trwałe schorzenia. Z wyżej wspomnianych badań wynika też, że 75% braci „Jaworzniackiej” to harcerze z harcerskich i nieharcerskich organizacji młodzieżowych. Harcerska lilijka umieszczona w centralnej części logo Związku Młodocianych Więźniów Politycznych lat 1944 – 1956 „Jaworzniacy” ma swoje uzasadnienie i świadczy niezbicie, że nasza organizacja kombatancka ma rodowód harcerski.

Władze ZHP, najliczniejszej organizacji harcerskiej w kraju i oficjalnie reprezentującej polskie harcerstwo w Światowej Organizacji Ruchu Skautowego, bardzo długo miały problem z uznaniem II konspiracji harcerskiej. Nie przekazywano młodzieży ZHP informacji na ten temat, w ten sposób „uwiarygadniając” obiegową zafałszowaną historię polskiego harcerstwa. Szeroko prowadzono popularyzację „wiedzy” na temat „Organizacji Harcerskiej” Związku Młodzieży Polskiej o obcej komunistycznej ideologii, często włączając jej działalność w ramy historyczne ZHP. Podobnie nagłaśniano działalność kuroniowskich „Walterowców’’, za przykładem których wprowadzono do ZHP powszechnie koedukację.
Nie będę w tym miejscu komentował, jakie szkody moralne przyniosło dla ZHP takie postępowanie. Komisje Historyczne przy Komendach Chorągwi powołane do zbierania oraz upamiętniania materiałów historycznych na swoim terenie, dopiero teraz okazują zainteresowanie II-gą konspiracją harcerską. Komisja Historyczna Chorągwi Wielkopolskiej wydała broszurki autorstwa Tadeusza Nowickiego i Marii Andrysiak dokumentujące sprawę hm. Jana Poplewskiego zamordowanego przez oprawców UB w poznańskim więzieniu. Skandaliczne było zachowanie Komisji Historycznej ZHP w Krakowie, która wydała oficjalne oświadczenie, że „na terenie Komendy Krakowskiej ZHP nie było żadnych nielegalnych organizacji harcerskich”. Tymczasem właśnie na tym terenie udokumentowano działalność 8 konspiracyjnych organizacji harcerskich: Harcerski Ruch Antykomunistyczny, Harcerstwo Polskie, Polska Straż Przednia, Stalowi Polacy, Stowarzyszenie Harcerzy Polskich, Tajny Związek Harcerstwa Polskiego, Zielone Berety i Żołnierze Walczącej Polski.
Dbałość o prawdę – aczkolwiek powoli, to jednak wraca w szeregi kierownictwa ZHP, co jest dobrym przejawem powrotu do wartości podstawowej: PRAWDY !

Młodzież harcerska nie może żyć w zakłamaniu i izolacji od prawdy historycznej.

Ryszard Jakubowski „Kot”